> csystem("/usr/bin/java Utilitaire ".$fichier." -
> cp /usr/share/java/jdom.jar", $retval);

Hé...

java -cp . LaClasse et java LaClasse -cp . ne sont pas identiques.
Le premier fonctionne, pas le second...

> SAXBuilder sxb = new SAXBuilder(); // l'erreur vient de l'appel a ce
> constructeur
> que là je suis à cours d'idées vraiment.

Cet appel au constructeur ne peut échouer ... si la classe est trouvée.
Vraiment tu as un problème de classpath. Selon moi c'est aussi sûr que certain.

Tu nous dit "// l'erreur vient de l'appel a ce constructeur puisque quand je l'enlève "
Certes. Et pourquoi ne pas écrire ton code ainsi ?

try {
Appel au constructeur
}
catch(Exception) {
e.printStackTrace_dans_un_fichier_ave_les_droits__en_ecriture;
}

Comme ça tu n'aurais plus le moindre doute et tu chercherais et finirais par trouver pourquoi ton classpath n'est pas valide