Yesssssssssssssssss !

Ca marche enfin, après 2 jours et demi de recherche lol
Il fallait rajouter le CLASSPATH actuel dans la modification du
CLASSPATH dans l'appel à java car lorsque l'on met l'option -cp à
java il écrase le CLASSPATH actuel pour ne tenir compte que du nouveau
qui est soumis.

J'ai donc fait la ligne suivante :

system("/usr/bin/java -cp \$CLASSPATH:/usr/share/java/jdom.jar Test"
$retval);

et enfin ça marche ! Merci à toi de m'avoir aidé en tous cas :)