Personnellement j'utilise Eclipse et je le trouve plus performant que Netbeans. Les deux IDE ont par contre a peu près les mêmes caractéristiques. Voici les différences les plus marquantes :

Eclipse n'est pas conforme au standard Java contrairement à Netbeans, notamment à cause de l'utilisation de SWT au lieu du couple Swing/AWT. Netbeans a une meilleur portabilité. Si tu développes pour Mac ou pour Solaris, il sera plus adapté.

Mais le mieux c'est d'essayer les deux ! Si tu cherches un bon éditeur texte avec colorisation syntaxique, onglets... je te conseille JEdit.