Je ne l'utilise pas (pas encore) et je crains de ne pouvoir t'aider beaucoup malheureusement.
Mais le principe me semble simple. Si des classes ne sont pas trouvées c'est qu'elles ne sont pas pointées par le classpath. Evidemment une grosse application comme Joanas définit son classpath au lancement donc c'est dans l'installation de Jonas que se situe le problème. Comme il me semble que c'est une classe de Tomcat qui n'est pas trouvée, tu as bien un problème d'installation du genre d'une variable d'environnement qui n'est pas correcte ou peut être que tu dois adapter un fichier de configuration. Tu vas certainement trouver ce qui ne va pas en lisant la doc relative à l'installation.