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fredericmazue

Quote:

En espérant que tu auras le temps de jeter un coup d'oeil...

Je dois dire que je n'ai pas vraiment le temps, mais poussé par la curiosité j'ai regardé quand même ;)

J'ai écrit un bout de code qui récupère un fichier de 5.11 Mo de données comme prévu. Au début on a

Quote:
LOCUS       NC_004556            2519802 bp    DNA     circular BCT 03-APR-2006
DEFINITION  Xylella fastidiosa Temecula1, complete genome.
ACCESSION   NC_004556
VERSION     NC_004556.1  GI:28197945
PROJECT     GenomeProject:285

et à la fin

Quote:
 2519701 gataagtacg cttggtggcc atcggtcctc tattaagcta tctatgtaaa actaaagagg
  2519761 cacctattct acaagaattg ctccaatcgt tgtcaaggag ga
//

Comme je ne savais pas à l'avance que c'était un fichier texte, le code que j'ai écrit lit à les octets par paquets de 1024, comme si c'était du binaire.
Du coup je me suis dit que peut être le stream que tu utilises perd les pédales à cause d'un caractère spécial ou je ne sais quoi.

Bref toujours est-il que je n'ai pas vu le moindre problème avec cette requête et le code ci-cessous:

import java.io.*;
import java.net.*;

public class SequencesReader {
    
    
    public SequencesReader() {
    }
    
    public static void main(String[] args) throws IOException, UnknownHostException {
	
	String fullpath = "c:" + File.separator +  "temp"  + File.separator + "sequences.gp";
	File file = new File(fullpath);
	
	InetSocketAddress isa = new InetSocketAddress("eutils.ncbi.nlm.nih.gov", 80);
	Socket s = new Socket();
	s.connect(isa);
	
	InputStream is = s.getInputStream();
	
	DataOutputStream out = new DataOutputStream(s.getOutputStream());
	
	out.writeBytes("GET http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=protein&id=NC_004556.1&rettype=gb  HTTP/1.0\r\n\r\n");
	
	byte[] buffer = new byte[1024];
	int nb;
	FileOutputStream fos = new FileOutputStream(file, false);
	
	while(true) {
	    nb = is.read(buffer);
	    if(nb == -1)
		break;
	    
	    fos.write(buffer, 0, nb);
	    
	}
	s.close();
	fos.close();
    }
}

En espérant que ce bout de code (Windows: attention au nom de fichier) te tire d'embarras.

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