Oui en effet ...

Sans vouloir trop philosopher, voilà ton problème. On nous raconte que les composants Swing sont MCV, soit Model (données) View (représentation graphique) et Control (de l'utilisateur) sont découplés.
Tu te heurtes au fait que ça n'est pas vrai, la vérité est qu'on pourrait dire que c'est du M-VC, du modèle d'un côté et de l'autre côte Vue et contrôle sont couplés.
Ce que tu veux faire est plus proche du MVC que du M-VC et c'est la cause de tes difficultés. Et la suggestion que je t'ai faite se base sur l'idée d'un meilleur MVC. Donc tout autre idée avec la même intention peut convenir. Mais puisqu'il s'agit de découpler, il est évident que cela implique des modifications sur le code.

Maintenant pour ton code et ton cas particulier, je vois une solution rapide. Tu gardes ton tableau columnsVisible mais tu le redimensionnes dynamiquement à la volée et tu le remplis de même. C'est possible de faire un mécanisme de tableau dimensionnés dynamiquement à partir du mécanisme de réflexion de Java. Sinon, peut être plus simplement (ça devrait suffire si je comprends bien ton ocde), tu re-crées et remplis le tableau en fonction des besoins, c'est à dire en fonction des choix de l'utilisateur. Comme ça, si j'ai bien compris, les modifs ne vont pas au délà de la présente classe.

Mais bon, j'ai quand même du mal à suivre pourquoi sous prétexte que ton constructeur reçoit Object [][] datas, tu ne pourrais pas, à partir de ça, construire et utiliser des ArrayList en interne.