Le problème est qu'on ne peut pas en Java pur.

On accède à la base de registre avec des fonctions Windows natives. En Java ça t'oblige à travailler avec JNI, c'est à dire à écrire du code C ou C++ pour interfacer Java et les fonctions de Windows.

Cela dit, je serais surpris que quelqu'un n'ait pas déjà écrit une librairie pour ça.