J'ai allégé ma précédente version, été oblige:)

import java.io.*;
import java.util.regex.*;

public class GestEvt
{
	public static void main(String[] args)
	{
		try
		{
			BufferedReader bufferedReaderForInput = null;
			String InputChoice;			
			
			System.out.println("Veuillez choisir le type de fichier à sélectionner :");
			System.out.println("1 : System");
			System.out.println("2 : Application");
			System.out.println("3 : Security");
			bufferedReaderForInput = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
						
			while(!(InputChoice = bufferedReaderForInput.readLine()).matches("([1]|[2]|[3])"))
			{
				System.out.println("Veuillez choisir le type de fichier à sélectionner :");
				System.out.println("1 : System");
				System.out.println("2 : Application");
				System.out.println("3 : Security");
				bufferedReaderForInput = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
			}
			
			String cmdLine = "";
			
			if (InputChoice.equals("1"))
				cmdLine = "cmd.exe /c eventquery.vbs /fo CSV /l system > SysEvt.txt";
			if (InputChoice.equals("2"))
				cmdLine = "cmd.exe /c eventquery.vbs /fo CSV /l application > AppEvt.txt";
			if (InputChoice.equals("3"))
				cmdLine = "cmd.exe /c eventquery.vbs /fo CSV /l security > SecEvt.txt";
			
			Runtime runtime = Runtime.getRuntime();
			Process proc = runtime.exec(cmdLine);
		}
		catch (Exception e)
		{
			e.printStackTrace();
		}
	}
}

Ne pas oublier le "cscript //h:cscript //s" en ligne de commande avant
de lancer le prog.

Bonne chance