//debarrassement des espaces doublee  //a refaire     
            for (int i = 0; i < tab_chaine.length; i++) {
                chaine = "";
                chaine = tab_chaine[i];
                tab_chaine[i] = "";
                for (int j = 0; j < chaine.length(); j++) {
                    int cont = chaine.indexOf(" ");
                    ch1 = chaine.substring(cont + 1);
                    if (ch1.indexOf(" ") == 0) {
                        ch1 = ch1.substring(1);
                    }
                    ch2 = chaine.substring(0, cont + 1);
                }
                chaine = ch2 + ch1;
// re remplissage du tableau avec les chaine sans occurences des espaces
                tab_chaine[i] = chaine;
            }

D'apres ce que j'ai compris, tu veux enlever tout les espaces du string contenu dans tab_chaine[i]
il suffit de faire:

for (int i = 0; i < tab_chaine.length; i++) {
                tab_chaine[i] = tab_chaine[i].replaceAll(" ", "");
            }

Pour les autres problemes, j'ai regardé ton code que tres rapidement donc je peux pas encore te donner de solution maintenant