Le standard JDO normalise le mapping et ajoute à la promesse Java de neutralité vis à vis des OS, la neutralité des serveurs d'applications et celles des bases de données.

La version JDO2 apporte les éléments nécessaires à la réalisation complète d'applications transactionnelles en environnement Java. Ainsi une application développée en utilisant JDO 2.0 est désormais portable entre différents OS (Java), entre différents serveurs d'applications (JCA), entre différentes technologies de gestion de données (JDO) et entre différents outils JDO (JDO).

Avec JDO le surcoût en développement est réduit à néant: le développeur ne connaît que Java. Il développe son application sans se soucier de la cible en terme de persistance. L'application n'a plus de dépendance vis-à-vis d'une plate-forme de persistance particulière. Le seul choix qui soit difficilement révocable dans une démarche JDO est le choix de Java.