Merci beaucoup, je vais essayer ça.
Comme je devais aller vite et que je ne connaissais rien à Java, j'ai ré-utilisé le code de quelqu'un qui travaillait dans mon labo avant que je n'y arrive.
Il utilisait cette classe PostMethod de la library http-commonclient. Le problème vient surement de là en effet.
Je te tiens au courant.

Julien

Bonjour,

Voilà la requête qui fait mal :
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=protein&id=NC_004556.1&rettype=gb

En espérant que tu auras le temps de jeter un coup d'oeil...
Julien

Merci d'avoir essayé!

Ta solution marche bien effectivement. Néanmoins je préfère manipuler le BufferedReader, ça me permettait de renvoyer directement un String.
J'ai donc continué aujourd'hui mes investigations. En fait, il semble qu'avec ton premier bout de code, le fichier pour cette requête se télécharge en boucle... il arrive à la fin et recommence, coincé dans le while.
J'ai donc rajouté une condition et ça semble mieux marcher. En effet j'ai remarqué que les fichiers se terminent tous par la même série de caractères.

Pour ta curiosité, ça donne ça :

    InetSocketAddress isa = new InetSocketAddress("eutils.ncbi.nlm.nih.gov", 80);
    Socket s = new Socket();
    s.connect(isa);

    InputStreamReader isr = new InputStreamReader(s.getInputStream());
    BufferedReader in = new BufferedReader(isr);

    DataOutputStream out = new DataOutputStream(s.getOutputStream());
    out.writeBytes("GET " + url + " HTTP/1.0\r\n\r\n");

    String responseLine;
    StringBuffer response = new StringBuffer();

    while ( (responseLine = in.readLine()) != null) {
      response.append(responseLine + "\n");
      if (response.toString().endsWith("//\n\n")) {
        break;
      }
    }

    in.close();
    s.close();
    String responseString = response.toString();

    return (responseString);
  }

J'ai l'impression que ça fonctionne bien. Je teste ça...

Julien

Rien que pour cette classe, le code fait 900 lignes. Et il y en a d'autres... Donc je sais pas vraiment par où commencer.

Je cherche peut-être les erreurs aux mauvais endroits. N'empêche que ce que j'ai écrit, ca marche sur ma machine. Manque de bol pour moi, ma machine ne sert qu'à tester car lorsque je lance le programme, je ne peux presque plus rien faire d'autre. Et quand je le lance sur la machine commune du labo, ca reste bloqué toujours à la même foutue requête. Je n'arrive vraiment pas à comprendre ce qui fait que ça peut marcher d'un côté et pas de l'autre (les OS : XP pour mon PC et XP Pro pour l'autre).

Maintenant je ne voulais absolument pas te froisser en modifiant ton code. Mais je préfère toujours chercher par moi-même avant d'appeler à l'aide. J'ai donc fait des tests de mon côté... Bon ben ca marche pas terrible mais j'aurais essayé :)

Revenons à ce programme...
Au départ, je lui balance un string et il lance un programme appelé BLAST via une requête http sur le serveur de mon labo. Pour cela j'utilise la classe HttpClient

private String post(String url, Map parameters) throws Exception {

    String response = "";
    int res = 0;
    boolean test = false;
    while (res != 200) {
      try {
        PostMethod postMethod = new PostMethod(url);
        Iterator keys = parameters.keySet().iterator();
        while (keys.hasNext()) {
          String name = (String) keys.next();
          String value = (String) parameters.get(name);
          postMethod.setParameter(name, value);
        }

        HttpClient httpClient = new HttpClient();
        res = httpClient.executeMethod(postMethod);
        System.out.println(res);
        if (res != 200) {
          res = 0;
        }
        response = postMethod.getResponseBodyAsString();
        postMethod.releaseConnection();
      }
      catch (IOException ex) {
      }
    }

    return response;
  }

C'est ce code que j'utilisais avant pour les requêtes qui me posent problème. Avant, ça marchait nickel.

Le résultat est un fichier XML qui est parsé afin de retirer les infos qui m'intéressent. J'utilise ces deux méthodes.

public Result readBlastResult(String xmlBlastResult) throws Exception {

    Document doc = null;
    boolean ok = false;
    while (!ok) {
      try {
        doc = DocumentBuilderFactory.newInstance().newDocumentBuilder().
            parse(new InputSource(new StringReader(xmlBlastResult)));
        ok = true;
      }
      catch (Exception ex) {
        System.out.println("Connection to ncbi failed during the XML parsing");
      }
    }

    Result result = new Result();

    NodeList hits = doc.getElementsByTagName("Hit");
    for (int i = 0; i < hits.getLength(); ++i) {
      result.hits.add(fetchHit( (Element) hits.item(i)));
    }

    return result;
  }

  private Hit fetchHit(Element hitElement) throws Exception {
    Hit hit = new Hit();
    hit.id = (String) hitElement.getElementsByTagName("Hit_id").item(0).
        getFirstChild().getNodeValue();
    hit.len = (String) hitElement.getElementsByTagName("Hit_len").item(0).
        getFirstChild().getNodeValue();
    hit.def = (String) hitElement.getElementsByTagName("Hit_def").item(0).
        getFirstChild().getNodeValue();

    Element hsp = (Element) hitElement.getElementsByTagName("Hsp").item(0);
    hit.expectedValue = (String) hsp.getElementsByTagName("Hsp_evalue").item(
        0).
        getFirstChild().getNodeValue();

    return hit;
  }

Ca, c'est pas de moi, je l'ai ré-utilisé à mon compte.

Ensuite, j'utilise les informations récoltées afin de poster une requête à un serveur US contenant d'autres informations dont j'ai besoin.
Avant, je ré-utilisait la méthode post décrite plus haut, mais comme ça ne fonctionne plus...

  public void proteinRetrieve(Hit hit) throws Exception {
    boolean reallyAdded = false;
    boolean cds = false;
    String startPosition = "";
    String endPosition = "";
    String proteinSequence = "";
    String taxon = "";
    boolean complement = false;
    String compl = "false";

    String geneId = hit.getGI();
    MainFrame.subProgressBar.setString("Get files from gene " + geneId);
    MainFrame.subProgressBar.setMinimum(0);
    MainFrame.subProgressBar.setValue(0);
    MainFrame.subProgressBar.setStringPainted(true);
    MainFrame.subProgressBar.setIndeterminate(true);

// Send a request and receive a *.gb text file
    String results = "";
    System.out.println("Get files from gene " + geneId);
    String url = new String(
        "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=protein&tool=PAQuery_v1.0&email=jgugliel@ulb.ac.be&id=" +
        geneId + "&rettype=gb&retmode=text");

    while (! (results.endsWith("//\n\n"))) {
      results = "";
      results = retrieve(url);  // là avant il y avait un appel de la méthode post...

La boucle while (! (results.endsWith me servait en fait à tester que le fichier a bien été intégralement téléchargé. Vu les problèmes de connexion qu'on a ici, je préfère être sûr. Le fichier gb récupéré est censé être formaté afin de faciliter les choses à quelqu'un comme moi désirant le parser sans trop de problèmes. Donc oui, je suis sûr qu'ils se terminent tous en //\n\n.
(D'ailleurs, oui j'ai fait exprès de rajouter les \n. Je sais que le ReadLine ne les prend pas. Alors je les mets là où ils devraient être... volontairement.)

Le retrieve(url), c'est en fait la méthode décrite dans le post précédent.

La suite je ne l'ai pas mise, c'est juste un parseur du fichier gb, et la suite du programme...

J'imagine que tout ce que tu vois là doit te piquer les yeux. Je suis conscent du fait que, comparé à un "vrai" code, ce que j'ai écrit semble horrible. Mais bon, j'ai jamais appris, et on m'a demandé de pondre un programme en 3 mois... j'ai fait au plus pressé :)

Merci du temps que tu me consacres.
Julien